Думаю, на автобусе. На яхте просто поездка по рифам. Если у вашего отеля нет рифа, можно ехать. Но у нашего отеля риф был интереснее, чем в Рас- Мухаммеде. А поездка на автобусе мне понравилась. Да, природа Египта не балует разнообразием и пышностью форм, но мне понравились мангровые деревья. Интересно, как природа приспосабливается ко всему. Мне понравилось и внутреннее "озеро" и разлом. Пусть они не гигантские и не величественные, но лично мне было интересно.
И насчет уличных поездок и от тур. оператора. Да, уличные дешевле. Но уже не раз убеждалась, что почти всегда тур. операторы все то же самое делают качественнее. Если вам важен комфорт и интересные рассказы экскурсовода, берите у тур. оператора. Если для вас критична цена - можете и у уличных.
Только один раз у нас было исключение. Дайвинг от уличной фирмы был и дешевле и качественнее, в Хургаде.