Водоохранная зона, если она была в установленном порядке включена в государственный кадастр недвижимости (ГКН) , не может "сместиться" самостоятельно, так как Законом о кадастре (№ 221-ФЗ) и порядком ведения ГКН, утвержденным приказом Минэкономразвития РФ ОТ 04.02.2010 № 42, определены основания и порядок включения в ГКН в том числе сведения о территориальных зонах и зонах с особыми условиями использования территорий
(приказ в редакции от 12.03.2014 претерпел существенные изменения, которые вступают в силу с 30.06.2014), текст можно скачать по ссылке: http://kadastrdon.ru/d/649883/d/prikaz_mer_04_02_2010_42.rtf
Вновь введенным пунктом 72.1 указанного приказа как раз регламентированы вопросы, в том числе и о порядке изменения границ зон с особыми условиями использования территории и исправления ошибок в сведениях ГКН о такой зоне. Эти действия производятся в том же порядке, как и при первоначальном учете части земельного участка, сформированной для внесении зоны в ГКН. Для этого потребуется решение уполномоченного органа власти, проведение кадастровых работ и подача документов
на учет изменений в Кадастровую палату.