как могло произойти что выдали два одинаковых паспорта

Скорее всего, где-то в базе, по которой вас проверяли, ошибка. Бланки паспортов печатают на Гознаке, и в ФМС их потом проверяют и пересчитывают.
Точно выяснить это вы можете в ФМС, где вы получали паспорт.
Или, если это некогда или неохота - просто поменяйте ваш паспорт на новый в связи, например, с непригодностью (надорвите страничку как бы случайно) . 300 р. штрафа заплатите, но получите новый паспорт, с которым не будет таких проблем.

Какие паспорта, где выдали и кому? И как вы узнали об этом факте?