Выполняю работу за моего начальника, который в отпуске. должны ли мне доплачивать? Что делать если не было приказа?

доплачивать должны. .
если нет приказа - и денег нет..

Если подсуетитесь и сможете оформить приказ задним числом, то доплатят. А так на основании чего они должны платить? В следующий раз будьте умнее. И обычно за работу руководителя не доплачивают, а переводят на это время на эту должность. Т. е. за это время получаете как начальник. Хотя в разных организациях свои правила.

Нет приказа - нет оплаты

Прежде, чем начать за кого-либо работать, выясни, как тебе это будет оплачено. Тогда будет не так обидно...