Могут ли при недоборе на факультет принять документы позже (после окончания второй волны)... возможно ли такое???

Если баллов хватает (больше среднего по-желающим) , то возможно. Но далеко не факт.

загребают всех кто в списках и положил оригинал, поэтому могут быть зачислены те у кого баллов меньше, но их оригинал лежал в вузе на 10 августа...

Нет, на бюджет не возможно. Во второй волне зачисление идет по ранжированному списку до полного заполнения бюджетных мест. Поэтому третьей волны уже не бывает.
Т. е. даже те, кто подавал только на платное, при недоборе могут попасть на бюджет. Но я такого не знаю (если только вуз совсем плохонький).