Как отразить денежные вложения в фирму после того, как уставный капитал уже сформирован и зарегистрирован?

Или увеличивайте уставный капитал. Но зачем вам такие заморочки? Оформите как займ от учредителя или руководителя на какой -нибудь срок, составьте договор займа и акт о приеме денег от займодавца, оприходуйте их в кассу и сдайте на р-счет в банке. А когда появятся деньги свободные на счете, сможете их получить как возврат займа от организации.