как "включить" кодаки в windows movie maker

Никак. Movie Maker в качестве источника "понимает" только строго ограниченный круг форматов: http://windows.microsoft.com/ru-ru/windows-live/movie-maker-file-types-faq

Если вкратце, то:
- видофайлы: .asf, .avi, .wmv
- фильмы: MPEG1, .mpeg, .mpg, .m1v, .mp2
- аудиофайлы: .wav, .snd, .au, .aif, .aifc, .aiff
- Windows медиа: .asf, .wm, .wma, .wmv
- изображения: .bmp, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .gif
- и, отдельным пунктом: .mp3

Причём, и здесь могут быть исключения, например: AVI - контейнер, который может использовать кодек, неизвестный Movie Maker'у. Он не подхватывает другие кодеки, установленные в системе - медиаплеер может прекрасно воспроизводить файл, а Movie Maker - "в упор его не видеть"...

С выводом готового видео всё ещё гораздо хуже - выбор форматов очень невелик: http://windows.microsoft.com/ru-ru/windows-vista/movie-settings-frequently-asked-questions

P.S. А чего Вы ждали от бесплатной утилиты от мелкомягких?