В чем отличие в применении слов: entire, total, wholly если, конечно, такие отличия имеются.

Entire - без вычетов, недостач, в "полном (бое) комплекте" (+ отнюдь не мерин)
Total - по-списочно, по пунктам, по головам, без исключения
Wholly - от "whole" = целый, целёхонький, здравый. Как и в русском, родственно "to heal" (= целИть)