Подскажите, пожалуйста, как удалить пустую папку, которая не хочет удаляться?

Возможно на эту папку ссылается какой либо процесс запущеный в памяти.
Если и после перезагрузки папку нельзя удалить, значит что то установил в систему. Вспоминай последние шаги.