Какой корень у слов: структура, деструктивный, инструкция? Это однокоренные слова?

А почему нет? Чётко выделяется корень СТРУКт.. .
Примерно соответствующий нашему СТРОй. В третьем случве "т" уходит в "Ц (т+с) " - как и "й" уходит в "Е (й+э) ".

Можно подобрать ряд синонимов: (У) СТРОЕНИЕ, РАССТРОЙСТВО, НАСТРОЙ (КА)...