квартира приобретена по договору мены 1996 года, а свидетельство от 2012г. , надо ли платить налог с продажи в 2014г.?

Нет. Время нахождения в собственности зависит не от даты выдачи св-ва, а от даты возникновения права, т. е. с 1996 года.