Смотря какой аппаратный. Если это дорогой килобаксовый контроллер - то лучше его. Если речь идет о каком-нибудь встроенном "аппаратном" рейде, то лучше уж софтовый.
Во всяком случае, мне неизвестны случаи, когда софтовый рейд разваливался бы, а вот случаи развала аппаратных рейдов известны: начиная от случая, когда умер сам контроллер и потом что бы собрать рейд обратно, нужно было найти точно такой же. И как глючат аппаратные рейды на стандартных жестких дисках. Что бы аппаратный работал нормально, им нужны диски Raid Edition, которые слегка дороже.