Имеется задолженность по зароботной плате в другом регионе. . Нельзя ли сумму задолжности перечислить в пенсионный фонд

Нельзя.
Если тебе должны на работе з/п и не отдают, то иск в суд должен быть подан в течении ТРЁХ МЕСЯЦЕВ после увольнения.