Как правильно организовать хранение материалов на большом складе (от воровства, в первую очередь)?

Основных направлений будет три
1. Уменьшить вероятность, что кому-то захочется что-то украсть.
2. Затруднить процесс воровства
3. Сделать так, чтобы воровство надежно обнаруживалось, при этом как можно раньше.

По 1 пункту - тщательно отбирать работников и стремиться к тому, чтобы они были лояльны предприятию.
По 2 - разнообразные мероприятия по физическому ограничению несанкционированного доступа к материальным ценностям, разделение ответственности, функци и полномочий.
По 3 - сигнализация, видеонаблюдение, охрана, аккуратный учет.

После создания системы - прийти на склад, по очереди посидеть рядом с каждым сотрудником в размышлениях - что сейчас плохо лежит и если бы я был вор, как бы я мог сейчас украсть чего-нибудь.

Если у вас есть слепые зоны на территории или в документах, если есть люди (сотрудники или посторонние), которые могут без контроля со стороны других зайти и сделать что-то с любыми ценностями - это все потенциальные дыры в защите.