Почему нервную систему называют автономной системой

не всю так называют, а её отдел - вегетативную, по-старому. Потому, что она функционирует непроизвольно, т. е. не подчиняется сознательным командам. К примеру, вы не сможете "по приказу" ускорить работу сердца, или замедлить перистальтику кишечника