В какую ветку реестра прописываются программы. Корректность удаления оставляет желать лучшего. Приходится ходить пешком.

Чтобы было меньше мусора устанавливайте и удаляйте программы с помощью программ которые создают протокол, на основе которого и происходит удаление. Например :Ashampoo UnInstaller, Full Uninstall и др. Кстати с помощью них можно посмотреть какие изменения внесла установленная программа в файловую систему и реестр.

HKLM\SOFTWARE в основном