Как быть с НДС? Купили товар на 100000 р. с НДС Наценка 5000 р. Перевозка 15000 без НДС. Включили в цену, итого 120000 р

Как плательщик НДС, Вы обязаны начислить в бюджет 18305,10, т. е. 120000/118*18 (как понимаю НДС сидит в 120000)
А к возмещению сможете поставить только сумму НДС отраженную в счете-фактуре на товар 15254,24 т. е. 100000/118*18

Итак начислено 18305,10 возмещено 15254,24
Сумма к уплате в бюджет составит 3050,86

Если вы находитесь на ОСНО, то с этой сделки НДС к выплате составит 3051 руб. (120000 х 18/118 - 100000 х 18/118 = 18305 - 15254 = 3051). Ну а если на УСНО, то НДС вас волновать не должен.... Покупка на 115000 руб. против продажи на 120000 руб.