Я не могу сделать в Москве шенген Германии, потому что я не гражданин РФ. Могу ли я въехать в Германию с шенгеном Чехии?

Если Вы не гражданин РФ и законных оснований для проживания на территории РФ у Вас нет, то и в посольстве Чехии Ваши документы не примут.
Если же у Вас есть основания для законного нахождения на территории РФ сроком более 6-ти месяцев, тогда Вы можете и в немецкое посольство обратиться, вне зависимости от гражданства.

вы гражданином какой страны евляетесь?

Получаешь визу в любую из стран Шенгена и путешествуй по всему Шенгену без проблем, а также въезжай в Германию.

Если поедешь через Чехию...)))))))))))