будут ли пени начисляться с сентября сего года за квартиру

А договор-то Вы читали? Там все должно быть прописано.

С 1 сентября изменится порядок расчета платы за коммунальные услуги. Вступают в силу Правила предоставления коммунальных услуг собственникам и пользователям помещений в многоквартирных домах и жилых домов, утвержденные Постановлением Правительства РФ от 06.05.2011 N 354. Новые Правила устанавливают норму, позволяющую оплатить коммунальные услуги в рассрочку в случае значительного увеличения размера платы за услугу. Цитата : - …При этом за предоставленную рассрочку взимаются проценты, максимальный размер которых не может превышать размер ставки рефинансирования ЦБ РФ на три процента и более. У потребителя, оплачивающего коммунальную услугу в рассрочку, также есть право в любой момент досрочно погасить оставшуюся часть задолженности.