С помощью какой программы это делается? (ссылка на видео внутри)

http:// video.yandex.ru/ #search?where=all&text=анимация рабочего стол а&filmId=LTAhrkC/UXI=
(на забудьте при поиске убрать пробелы)

Flash....Бери любую рисовалку на флеше и твори.