Тыкать его носом туда где он нассал или где насрал, а потом тыкать носом в лоток. А лучше выпускать его на улицу.
Зачем ему лоток, приучайте к улице, а то всю квартиру засыт.
В три месяца уже сложнее. Обычно щенки приучаются к пеленке еще в доме у заводчика, когда только начинают выходить из гнезда. И потом в новом доме с этим не возникает проблем. А сейчас щенок уже привык делать все где захочется, и чтобы его приучить, надо будет потратить несколько дней, полностью контролируя щенка и не отходя от него. Как только заметите, что собрался делать "дела" - сразу несите на пеленку. Если сделает все, как надо - усиленно хвалите и давайте вкусненького. За ошибки ругайте, но ни в коем случае не наказывайте. Обычно нескольких дней тотального контроля и поощрений вполне хватает, и тойчик привыкает к пеленке. Можно приучить и к лотку, только лоток должен быть специальный собачий, с низкими бортиками и пеленкой внутри. Кошачьи лотки с решеткой не подходят, у тоев там застревают когти.
Статья "[url=http://www.zoovet.ru/text.php?newsid=82]Приучение щенка к туалету [/url]" вот статья ознакомтесь.