Учитывается ли трудовой стаж при стажировке, если я работаю по договору?

Называйте вещи своими именами. Если работаете по ТРУДОВОМУ договору, хотя бы по совместительству, где трудовая книжка не требуется, то в стаж входит вся работа на этом предприятии. Но если работаете по ГРАЖДАНСКО-ПРАВОВОМУ договору, который не имеет никакого отношения к Трудовому Кодексу, то стажа, как такового, не будет. Более того, если будете работать дальше по этому договору, то не будете получать отпуска, больничные, декретные, премии за выслугу лет и прочие социальные гарантии. Так что держите ухо востро при подписании подобных договоров.