Почему при удалении детали в сборке (Компас 3d V13) удалилась эта деталь во всех больших сборках куда входит эта сборка?

У Вас ответ в вопросе. Если из стены удалить кирпич, то будет ли этот кирпич в доме, в котором эта стена?
Конечная сборка состоит из сборок, которые, в свою очередь, состоят из деталей. Все эти сборки и детали связаны. Т. е. если Вы удаляете деталь, то изменяете сборку, она естественным образом изменяется и в конечной сборке.
Например. создайте сборку из нескольких деталей, а потом откройте какую-нибудь деталь из этой сборки и что-нибудь измените. Когда Вы снова откроете сборку, в которую входит измененная деталь, то компас Вам сообщит, что произошли изменения, и предложит перестроить сборку.