Является ли к расходами выплаты основного долга по облигациям.

Является. Продажа - доход, выплата дохода и основного долга - тоже. Об особенностях расчета налоговой базы по операциям с ценными бумагами - глава 25 НК РФ, если налог на прибыль уплачиваете