запрос к MySQL с использованием json_encode

Отправить данные со страницы при помощи JavaScript, декодировать их и вставить в запрос при помощи PHP? - Тогда json_decode.
Получить данные из базы, кодировать и передать скрипту - тогда json_encode
Если про последний случай, см. тут: http://www.9lessons​.info/2009/10/json-jquery-ajax-php.html (только автор как раз забыл про json_encode, о чем напомнили в комментариях)
Про первый (json_decode): http://stackoverflow.com/questions/11362846/php-for-parsing-json-and-adding-to-database-mysql