В 88 г. купил ЗАЗ, в 89г. утащил на свалку, нынче пришел трансп. налог. За эти годы, сумма с пени приличная, что делать?

снимал с учета?

Для начала выяснить почему они его раньше не присылали? а вообще платить по векселям))))

Ну, во-первых, разобраться со сроками давности - платить за период до 2008, скорее всего, ничего не надо.
Насколько удастся доказать "задним числом" факт отсутствия собственности - большой вопрос. (Единственная надежда хорошему адвокату - объяснить суду, что регистрация т. с. не есть регистрация прав собственности, как я понимаю, но не факт ). Но на будущее надо, конечно, снимать с регистрации.