А если переоценка делается не правильно? Остатка нет, а переоценка идет. Плюс новое поступление и его переоценивает.

Так что программа переоценивает или бухгалтернеправильно делает. Если бухгалтер, то сделайте сторно. А в программе сделайте операцию вручную. Как можно переоценвать то, чего нет в наличии.