сыну исполнилось 5 лет в сентябре 2012г. , а дочке 11 месяцев нужен ли им загран паспорт

Сейчас загран паспорт нужен ребенку даже если ему всего месяц.
Увы.

В биометрические паспорта вписывать нельзя.
В старые можно, но со скрипом. Скорее всего все-равно заставят делать нового образца.

вы можете вписать их в свой, а можете сделать каждому ребенку по отдельности, у меня младшая получила в год паспорт.

Внесение детей в загранпаспорта старого образца подтверждает родство и удостоверяет гражданство детей, но не дает им права выезда за границу без персонального паспорта.