Предложу свой вариант. Пегий означает пятнистый, см. словарь Даля: [ссылка заблокирована по решению администрации проекта]
ПЕГИЙ - арх. сиб. пеганый, пестрый, особ. двуцветный; пятнастый, в светлых пятнах по темному полю, или наоборот; говор. более о лошадях в белых больших пятнах.. .
Получается, что барская милость, по аналогии с жизнью-зеброй, переменчива, то белая, то тёмная, т. е. то гнев, то милость. Предполагаю, что и того, и другого подвластным барину крестьянам хотелось бы избежать, т. е. лучше бы он вообще поменьше о них вспоминал. См. гениальное "Горе от ума" А. С, Грибоедова: http://az.lib.ru/g/griboedow_a_s/text_0010.shtml
Минуй нас пуще всех печалей
И барский гнев, и барская любовь!
В том смысле, что у всех только гнедые, а пегой лошадки ни у кого нет!