Можно ли использовать NI Kontakt 5 подключая синтезатор к компьютеру через линейный вход?

Однозначно - НЕТ! Только по ЮэСБи в качестве миди-клавиатуры. Я много лет занимаюся аранжировкой, так что за слова ручаюсь!
Контакт 5 это виртуальный инструмент. Чаще всего используется, как плагин в секвенсорах типа Кубейс 5, Студия 1, Рипер, Микскрафт, Сонар и прочие.. .
Так что, подключив к линейному входу, ты сможешь записать в аудиофайл только то, что звучит на синте. И ничего другого.