Есть такая программа MP3 Skype Recorder, вот через нее.
Можно использовать программы, которые захватывают ВСЁ что на экране ( а не только окно скайпа) . В гугле поискать по словам - Захват изображений и видео с экрана.
Вот например есть бесплатная такая - Free Screen Video Recorder -
http://www.dvdvideosoft.com/ru/guides/free-screen-video-recorder.htm
Используй программу Памела (на английском только пиши это название) для Скайп.
Очень полезная утилита, давно известная широкому кругу пользователей. С помощью данной утилиты вы сможете записывать все свое общение, а именно - архив сообщений в чате, аудио звонки, видео переговоры, конференции, а так же использовать функцию автоответчика. По сути Памела для Скайп это такая себе виртуальная секретарша, которая владеет 34-мя языками и способна не только служить автоответчиком, но и вести архивы ваших разговоров. Утилита всегда сможет сообщить, что вас нет на месте, записать входящие сообщения, что бы вы смогли просмотреть их позже и даже в грубой форме отправить надоедливого абонента куда подальше.