может ли понести уголовную ответственность бывший гендиректор за невыплату зарплаты?

Нет, не может

Привлечь бывшего руководителя, как физическое лицо по ст. 145.1 УК РФ :написать заявление Вы можете, только желательно указать, в чем Вы видите "корыстную или иную личную заинтересованность", а также тяжесть последствий (если говорить о ч. 2 ст. 145.1 УК РФ) - если это не будет установлено, то в возбуждении уголовного дела откажут.

Может, если в этом будет установлена его вина.