HDD подключен к материнке через PCI порт, в который вставлена плата, в которой PATA порт...

Что значит включить чтение? Винда не видит винт? Так установить драйвера на вашу плату расширения с "PATA" портом. В Биосе кстате чтение не включается и не выключается. И вообще кажись не должен он биосом видится, потому что в биосе отображаются устройства которые связаные с матерью, а ваша плата расширения инициализируется после POST теста.