Во всех мышцах.
У некоторых жгутиковых, корненожек, споровиков и инфузорий различают цисту покоя и цисту размножения. В состоянии цисты покоя оболочки толстые, студневидные или твёрдые; состоят из хитиноподобных веществ, иногда минерализуются. Образуются при неблагоприятных условиях (например, при пересыхании или промерзании водоёма) ; у паразитических форм циста покоя обеспечивает переход от одного организма-хозяина к другому через внешнюю среду. Некоторые простейшие могут существовать во внешней среде в форме цисты несколько лет, например из рода Colpoda до 16 мес. , Oicomonas до 5,5 лет, a Peridinium cinctum до 16,5 лет. Циста размножения имеет тонкую оболочку и образуется на короткий период, в течение которого содержимое цисты делится на несколько самостоятельных организмов.