iPhone 3GS. У меня iPhone 3GS стоит прошивка 4.0 можно ли ставить прошивку 6.0.1?

Если ненужны ни джейлбрейк (для установуи взломанных приложений и т. п. ) ни анлок (для отвязки от иностранного оператора) , то естественно можно.
Джейлбрейк и анлок после обновления слетают, и новых нужно ждать достаточно долго.