Можно было и поподробнее описать проблему)
Ладно - отвечаю наугад)
Если уж твой видеоредактор (Adobe Primiere Pro? Sony Vegas ?) твоё видео в том формате в котором оно сейчас понимать до конца не хочет, так не мучайся, да переведи его в другой формат, с которым твой видеоредактор точно уже хорошо работал)
Вот тебе хороший конвертер (конвертирует ВСЁ что душе угодно)) )
Просто с файловых банков:
http://softlab-portable.ru/index.php?newsid=160420
Или если торрентам больше доверяешь - тебе сюда: )
http://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=4222413
уж точно формат фактори -НЕХОРОШИЙ конвертер я его тестировал вместе с кучей платных и бесплатных. по выходному качеству хрень еще та.
кодеки поставь отсюда http://www.codecguide.com/download_k-lite_codec_pack_full.htm
а если не поможет то перегоняй в МР4 по этому принципу лучше вторым и 3-х проходным кодированиеv 264 кодеком http://www.youtube.com/watch?v=3-D_A3E2WII
http://www.softportal.com/software-4639-mediacoder.html
только тебе сжимать не нужно чтоб качество не потерять ставь такой же битрейт как в исходнике