Решил переустановить Windows с флешки.

Запускаем командную строку Windows, и вводим команду
diskpart
Выводим список дисков в системе с помощью команды
list disk
select disk 1.
или
select disk 2 в зависимости, под каким номером будет идентифицироваться флешка
clean
create partition primary
select partition 1
active
Форматируем полученный раздел с помощью команды
format fs=NTFS
Задаем для нашей флешки букву, для того чтобы не было путаницы удобно
сделать флешку диском Z, это можно сделать с помощью команды
assign letter=Z
Выходим из режима diskpart, для этого вводим команду Exit
Теперь нужно записать на флешку установочные файлы Виндовс,
для этого можно скопировать на неё содержимое инсталляционного компакт диска Windows не в формате ISO а разархивированные.