Если на материнский капитал куплена квартира, имею ли право на военную ипотеку?

Если вас признают нуждающимся в улучшении жилищных условий и поставят на очередь, то тогда имеете.

Конечно, это совершенно разные выплаты. Вы военный и государство обязалось с помощью ипотеки улучшить ваши жилищные условия.