Я вас огорчу, но такого делать нельзя. В смысле, нельзя давать компенсацию за неиспользованный отпуск, если сотрудник не увольняется. Компенсировать можно дополнительный отпуск, но ежегодный нельзя. При проверке вам это укажут.
Но если вы все же решите так сделать, то в 1С компенсация проводится так.
Если вы работаете в 8, то в верхнем меню выбираете Расчет зарплаты - Журнал оплачиваемых неявок. Вводите документ Начисление отпуска. Поставьте дату начала отпуска (без этого он документ не проведет) , поставьте галочку Компенсация отпуска и уберите галочку Начислить ежегодный отпуск, укажите количество дней. Ну и далее все считается как обычный отпуск.
Если вы работаете в 7, то в верхнем меню Документы - Отпуск. Вид отпуска указываете Компенсация, указываете количество дней. Ну и далее как обычный отпуск.