Если проехал таможню без регистрации, но со штрафом, могу я обратно спокойно вернуться или вновь платить придётся?

Причем здесь таможня, если речь идет о регистрации? Вы при выезде из России заплатили штраф на границе? Тогда у вас на руках должна быть квитанция и второй раз не придется платить. А вернуться обратно, вопрос спорный. Смотря какой протокол на вас был составлен. Если ничего не составляли, то можете.

Какое отношение таможня имеет к регистрации?