Если сотрудник по своей инициативе решил уехать и вернуться из командировки в выходной день ему не оплачивают в двойном

у сотрудника должно быть командировочное удостоверение, в котором четко указаны даты выезда и взвращения. и приказ должен быть издан соответствующий.
то, что работник уехал раньше, чем установлено приказом и приехал позже - это его проблемы. ни кто его прихоти оплачивать не обязан.