В каких случаях употребляется предлог by, в каких - with?

Question

Читал, что by употребляется с названиями одушевленных предметов, with - неодушевленных. Почему тогда в предложении "You can see the two parts of the city connected by three bridges" употребляется предлог by?

Анна Комарова · Accepted Answer

Ну так и есть. Все верно. 
Ну к примеру, предложение 
"Поэма Мертвые души была написана Гоголем. " 
Вот здесь будет предлог бай. 
А если брать предложение 
"Она написала письмо ручкой" 
Будет виз.