В теории изъянов быть не может.
Изъян может быть, если теория не согласуется с практикой. Тогда говорят, что теория ошибочна.
Есть еще случаи, когда в теории имеется аксиоматическая неполнота или, наоборот, избыточность. Но это больше проблема нематематических теорий.
И какой смысл подобных вопросов?
В чем угодно могут быть изъяны.
Пока что не найдены.
О чем бы вы ни мечтали, проверьте: сама эта мечта говорит о том, что вы упустили реальность. У человека, живущего в реальности, мечты исчезают.
Существует теория, что если даже кто-нибудь и откроет для чего нужна Вселенная и почему она здесь, то она тотчас пропадет и будет заменена чем-нибудь еще более странным и необъяснимым. Другая теория состоит в том, что это уже произошло.
В основах теории - не могут (http://ru.wikipedia.org/wiki/Теорема_Гёделя_о_неполноте). Но и существующую непротиворечивую теорию, наверное, можно еще поразвивать. А вообще, логика - это порождение логичного окружающего нас быта. Теория претендует лишь на описание механизма чего-либо, но не сути. А для описания механизма достаточно теории, обобщающей опытные данные. Например, проверенные временем законы арифметики.