Можно ли подотчетную сумму возместить в з/п

Можно. Сделайте начисление Д-т 71 К-т 70

По предприятию должен быть издан приказ, в котором назначаются лица на получение денежных средств, срок отчета за полученный подотчет. На основании этого приказа Вы удерживаете неиспользованные суммы подотчета.