http://www.ruprograms.ru/files/search-delete/591-ant-renamer.html
http://www.ruprograms.ru/files/search-delete/240-renamer.html
или аналоги.. .
Автоматически сразу всё переименовать не получится. Только следующим образом:
Для начала нужно отловить соответствие символа кириллицы каждой паре символов крякозябров. После чего последовательно прогоняешь групповое переименование с заменой строк в именах файлов и папок. Типа Р” заменить на Д, затем Р› на Л, затем РЇ на Я и так столько раз, сколько букв в нашем алфавите с учётом регистра. Цифры и латиница и допустимые в именах символы (пробел, подчерк, тире и т. п. ) перекодировать не нужно - они и так правильно отображаются. Получится примерно 60-70 раз нужно будет прогнать эти замены. ИМХО проще не получится.
PS Попробовал ReNamer.Там можно создать сразу несколько правил для замены и запустить их на выполнение. Всё работает...