отличается ли аттестат, выдаваемый после сдачи ЕГЭ в особых условиях от аттестата, выдаваемого после сдачи обычного ЕГЭ?

Аттестат - это отдельный документ, и он никаким образом не зависит от условий сдачи ЕГЭ, т. е. он одинаков для всех, за исключением того, что он может быть аттестатом обычным или аттестатом особого образца (для закончивших школу с отличием).