Можно ли купить дом на материнский капитал, если мы в нем уже прописаны, но не являемся собственниками?

Естессно.... Вы покупатель... кто то продавец... проблем нет....

заключить договор купли-продажи с собственником, а прописка значения не имеет

Вы хотите купить дом у родных?

с роднёй не прокатит... а если чужие люди - запросто