Обязательно ли проходить медкомиссию в районной поликлинике или же можно проходить в другом медучреждении? На контракт .

Обязательно в военкомате.. .
Закон "О воинской обязанности и военной службе"
Статья 5.1. Медицинское освидетельствование и медицинское обследование граждан в связи с исполнением воинской обязанности, поступлением на военную службу по контракту или поступлением в мобилизационный людской резерв

1. Граждане при постановке на воинский учет, призыве или поступлении на военную службу по контракту, поступлении в мобилизационный людской резерв, поступлении в военные образовательные учреждения профессионального образования, призыве на военные сборы, прохождении альтернативной гражданской службы, а также граждане, ранее признанные ограниченно годными к военной службе по состоянию здоровья, проходят медицинское освидетельствование врачами-специалистами: терапевтом, хирургом, невропатологом, психиатром, окулистом, оториноларингологом, стоматологом, а в случае необходимости - врачами других специальностей. По согласованию с командиром (начальником) воинской части (военно-медицинского учреждения) для медицинского освидетельствования указанных граждан могут привлекаться военные врачи-специалисты.
http://www.zakonrf.info/zakon-voinskiy/5.1/

роли не играет, главное чтобы были пройдены все врачи и сданы необходимые анализы и все заверено врачами

В обшем лучше где прописан. Но собой разницы нет.

Если вас на медкомиссию направляет военкомат, то проходить её вы должны только в той поликлинике, которую указал вам военкомат. Это может быть и районая поликлиника. Если не указано в какой поликлинике вы должны пройти медкомиссию, значит можно в любой.