По строению цветка и плода семейство часто подразделяют на несколько подсемейств:
Спирейные (Spiraeoidea): Соцветия кистевидные, цветки большей частью мелкие, белые или розовые; гипантий плоский, воронковидный или колокольчатый. Чашелистиков и лепестков по 5, реже 4 или 6, тычинок 10-20-70. Плод многолистовка, редко коробочка. Включает рода спирея и рябинник, пузыреплодник.
Розовые (Rosoideae): Цветки в соцветиях разной формы, разных размеров, однополые или обоеполые, число частей цветка различно, чашелистиков пять. Плод многоорешек либо многосемянка. Включает рода рубус, лапчатка, земляника, гравилат, таволга, шиповник, манжетка.
Яблонные (яблоневые, семечковые) (Maloideae): Цветки одиночные или в многоцветковых соцветиях – щитках, гроздьях или в метелках, обычно довольно крупные, белые или красные, обоеполые. Основания чашечки, лепестков и тычинок сращены в мясистую цветочную трубочку, чашелистиков 5, лепестков 5, тычинок 20, реже 10 или 5, иногда 25 или более, пестик из 2-5 плодолистиков. Завязь нижняя, плод яблоко. Включает рода яблоня, груша, рябина, боярышник, кизильник.
Сливовые (косточковые) (Prunoideae): Цветки в пучках, кистях или одиночные. Чашелистиков и лепестков обычно по пять, редко лепестки отсутствуют. Тычинок 10-20 или больше, плодолистиков 1 или 2-5. Плод односемянная костянка. Включает род слива, вишня, черемуха, миндаль, абрикос, персик.