Чтобы рассчитать амортизация ОС, сначала надо оприходовать основное средство, ввести в эксплуатацию, установить срок эксплуатации в годах, определить метод начисления амортизации, а затем уже начислять амортизацию с первоначальной стоимости без НДС.
Если вы на ОСНО то, конечно за вычетом НДС.
НДС в стоимости в случаях:
1) основное средство используется для осуществления операций, не облагаемых НДС;
2) основное средство используется для совершения операций, местом реализации которых не признается РФ;
3) организация не является плательщиком налога на добавленную стоимость или освобождена от исполнения обязанностей по исчислению и уплате НДС;
4) основное средство приобретено для совершения операций, которые не признаются реализацией для исчисления НДС.